تتمثل الرؤية لبرنامج مكافحة الملاريا والتخلُّص منها في إقليم شرق المتوسط تخلو فيه جميع البلدان من الملاريا، باستثناء بؤر محدودة جداً في المناطق ذات الطوارئ المعقدة أو الحدودية في بلدان جنوب الصحراء الأفريقية، والتي تكون فيها عدد حالات الملاريا قليلة جداً ولا تشكل عوائق أمام التنمية الاجتماعية أو الاقتصادية.

أما مهمة البرنامج فهي تقديم الدعم للبلدان في تنفيذها لبرامجها الوطنية لمكافحة الملاريا والتخلص منها والوقاية من عودة دخولها، وذلك من خلال التغطية الشاملة للمجموعات السكانية المعرضة للمخاطر بالتشخيص الموثوق العالي الجودة، وتقديم الأدوية الفعالة المضادة للملاريا، والوقاية من عودة دخول الملاريا من خلال الطرق الرشيدة لمكافحة نواقل الملاريا. ومن الضروري توافر ترصد قوي وشامل للملاريا، ورصد وتقييم النظام من أجل قياس التقدُّم الـمُحْرز في هذا المجال.