وتُعد فاشيات الأمراض من التحديات الصحية الكبرى الأخرى التي تواجهها دولة جنوب السودان. فلاتزال الملاريا من المشكلات الكبرى فيها، ولايزال السل آخذاً في التفاقم، كما يزداد خطر وفادة شلل الأطفال نتيجة تحركات السكان عبر الحدود. ورغم أن معدل انتشار العدوى بفيروس العوز المناعي البشري منخفض بالمقارنة بما هو عليه في البلدان الأخرى في جنوب وشرق أفريقيا، فإنه يُعدّ المعدل الأعلى بين بلدان الشرق الأوسط وشمال أفريقيا.
إن منظمة الصحة العالمية تلتزم بمساعدة السكان المتضررين وبتوفير الأدوية المنقذة للأرواح والخدمات الطبية لهم في دولة جنوب السودان التي تعاني حالياً من مشكلات سياسية ومن إحصائيات صحية محزنة. ويركز عمل منظمة الصحة العالمية في دول جنوب السودان على عشرة برامج ذات أولوية، لعل أكبرها مبادرة استئصال شلل الأطفال؛ إذ يقدم هذا البرنامج الدعم للاستجابة والتصدّي للفاشيات الضارية من خلال حملات التمنيع الوطنية. كما تواصل منظمة الصحة العالمية تقديم دعمها لوزارة الصحة من أجل المحافظة على الولايات العشر في دولة جنوب السودان خالية من شلل الأطفال، كما تعمل على تحسين التغطية بالتمنيع ضد الحصبة لدى الأطفال بغية احتواء الفاشية الحالية.
كما تعمل منظمة الصحة العالمية أيضاً في مجالات التأهب للطوارئ والعمل الإنساني، وتعزيز وحفظ الصحة، وتقوية النظم الصحية، والتكامل في الوقاية والمكافحة للأمراض السارية والأمراض غير السارية، والرعاية الصحية الأولية. كما تقدم منظمة الصحة العالمية الدعم لوزارة الصحة في دولة جنوب السودان، لأنها المنظمة التي تقود العمل الصحي، وذلك بالتنسيق بين المجموعة الصحية في البلد.
وإلى جانب جميع هذه البرامج، فإن منظمة الصحة العالمية تقدم أيضاً الدعم لوزارة الصحة في مجالات نظم معلومات الإدارة الصحية، وصحة الأطفال والأمهات، والرعاية الصحية الأولية، وصحة البيئة، وإدارة سلسلة الإمدادات، والتخطيط الميداني، والصحة النفسية.
