تركز منظمة الصحة العالمية على البرامج ذات الأولوية الآتية، في جنوب السودان:
التأهب للطوارىء والأعمال الإنسانية
الوقاية من فيروس الإيدز ومكافحته
الوقاية المتكاملة من الأمراض السارية ومكافحتها
و إلى جانب هذه البرامج، توفر منظمة الصحة العالمية الاستشاريين بهدف دعم وزارة الصحة في نظم إدارة المعلومات الصحية، ورعاية صحة الأم والطفل والرعاية الصحية الأولية، وإدارة سلسلة الإمدادات، والتخطيط العملياتي، والصحة النفسية.