La vision développée par le programme visant la lutte contre le paludisme et l’élimination de cette maladie est celle d’une Région de la Méditerranée orientale dans laquelle tous les pays sont exempts de paludisme, à l’exception de foyers d’un rayon très restreint dans des zones complexes et/ou frontalières de pays d’Afrique subsaharienne, où l’incidence du paludisme est très minime et ne constitue pas un obstacle au développement socio-économique.

Ce programme a pour mission d’aider les pays à mettre en œuvre des programmes nationaux pour la lutte, l’élimination et la prévention de la réintroduction du paludisme et ce, par le biais de la couverture universelle pour les populations à risque grâce à un diagnostic de bonne qualité, la fourniture d’antipaludiques efficaces et la prévention de la réintroduction au moyen de méthodes de lutte antivectorielle rationnelles et efficaces. Un système rigoureux et global de surveillance, de suivi et d’évaluation du paludisme est essentiel pour pouvoir mesurer les progrès accomplis en vue de la réalisation de cet objectif..